Kierował Katedrą Geologii do 1939.

W czasie II wojny światowej pozostał w Wilnie, do 1944 pracował w Urzędzie Geologicznym, potem organizował Instytut Geologii. Brał udział w tajnym nauczaniu na poziomie gimnazjalnym i współpracował z AK.

Po wojnie trafił do Torunia, gdzie był jednym z organizatorów Wydziału Matematyczno-Przyrodniczego na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika. Był prodziekanem tego wydziału w latach 1945–1947 oraz dziekanem od 1947 do 1948. W latach 1945–1952 kierował Katedrą Geologii, a przez krótki okres także paleontologii.

18 sierpnia 1951 prezydium rządu PRL wydało uchwalę o utworzeniu Wydziału Geologii na Uniwersytecie Warszawskim. Efektem tej decyzji było przeniesienie Edwarda Passendorfera wraz z współpracownikami do Warszawy, gdzie został dziekanem nowo utworzonej jednostki. Funkcję dziekana pełnił do 1954, a kierownika Katedry Geologii do 1964. Pracował także w Zakładzie Nauk Geologicznych PAN, gdzie kierował Pracownią Paleozoiku i Mezozoiku (1959–1963) oraz Pracownią Stratygrafii (1963–1972).