Na łamach serii Teen Titans okazało się, że Superboy był klonem Supermana zaledwie w 50%, a pozostałe 50% jego DNA pochodziło od Lexa Luthora. Również na łamach tego tytułu Superman powierzył jego opiece superpsa Krypto.
Kon-El zginął w 2006 roku zabity przez Superboya-Prime w czasie Infinity Crisis. Jakiś czas później Robin próbował ponownie go sklonować wykorzystując DNA Supermana i Luthora, ale eksperyment zakończył się porażką.
Superboy-Prime Na krótko przed "Crisis of the Infinite Earths" zadebiutował Superboy z Ziemi Prime. W czasie wspomnianego crossoveru został on uwięziony wraz z Supermanem z Ziemi 2, jego żoną i Alexandrem Luthorem Jr. w innym wymiarze zwanym Paradise Dimension. Cała czwórka spędziła tam ponad 20 lat by w 2006 roku wydostać się ze swojego więzienia i wywołać kolejny wielki cross over uniwersum DC – "Infinite Crisis". Superboy-Prime w czasie wydarzeń Kryzysu Nieskończoności oszalał oraz w wyniku wspólnego działania Flashów postarzał się o kilka lat. Sfrustrowany zabił wielu ludzi w tym m.in. Kon-Ela i niektórych Green Lanternów. Został powstrzymany dopiero przez Supermana i Supermana z Ziemi-2, który przypłacił to życiem. Pozbawiony na jakiś czas swoich mocy został uwięziony na Oa. Z niewoli wydostał go Sinestro i mianował członkiem swojego korpusu.