Muskata był posłem biskupa Tomasza do Rzymu, a następnie mediatorem w konflikcie, cenionym i nagradzanym przez obie strony. W Rzymie załatwił sobie bardzo dochodowe i ważne stanowisko – papieskiego kolektora świętopietrza na Polskę. Nawiązał też współpracę z potężnym władcą Czech, Wacławem II, któremu oddał nieznane bliżej przysługi w czasie sporu z poprzednim biskupem krakowskim – Prokopem.
W służbie Wacława II, władcy czeskiego (1294–1303) 11 lipca 1294 r. prałaci i kanonicy krakowskiej kapituły katedralnej zebrali się w celu dokonania wyboru nowego biskupa. Elekcja ta miała przebieg bardzo niecodzienny. Jan Muskata zadbał o swój sukces wyborczy, obiecując kanonikom awanse oraz pozyskując obietnicami nadań królewskiego starostę. W czasie trwania elekcji przed budynek przybył starosta wraz z wojskiem i okazał duchownym list króla Wacława II popierający kandydaturę Muskaty. Już od początku swoich rządów spotykał się nowy biskup krakowski z dowodami niezwykłej łaski króla Wacława II, który tytułował go swoim księciem i kapelanem oraz obdarzał licznymi nadaniami. Biskup krakowski swą demonstracyjną nieobecnością na koronacji Przemysła II w Gnieźnie w 1295 r. okazał dezaprobatę wobec planów politycznych tego księcia, godzących w interesy Wacława.