W 1983 niespodziewanie powrócił do polityki. Tego roku odzyskał kontrolę nad partią liberalną i poprowadził ją do tym razem zwycięskich wyborów w 1985 ponownie zostając premierem. Fotel premiera utrzymał aż do 1995, do przegranej wyborczej. Zmarł na raka 2 października 1996 w Montrealu.
Rządy Bourassy przypadły na burzliwy okres rozwoju separatyzmu w Quebecu. Grał on kluczowa rolę w kryzysie październikowym, kiedy to aktywnie naciskał premiera Kanady Pierre Trudeau do wprowadzenia stanu wyjątkowego w prowincji. Ogłoszony przez terrorystów za wroga numer jeden, praktycznie nie opuszczał swego gabinetu przez wiele tygodni. Fakt ścisłej współpracy z rządem federalnym w czasie kryzysu nie oznacza, że stosunki pomiędzy prowincją a Ottawa układały się dobrze. Bourossa, będąc frankofońskim nacjonalistą (umiarkowanym wprawdzie), uparcie walczył o powiększenie autonomii prowincji. Nie będąc separatystą, nie dążył jednak do pełnej suwerenności. W czasie pierwszego okresu jako premier prowincji zdecydowanie stawiał na „nie” w referendum nad suwerennością. W tym czasie wzmocnił także pozycję języka francuskiego w prowincji (Ustawa 22). W czasie drugiego premierowania bronił zaskarżonej do sądu nadzwyczajnego, wprowadzonej przez partię Quebecu, karty praw języka francuskiego w Quebecu.