W 1965 został oskarżony przez władze PRL o zdradę państwa. Pomimo że nie podpisał się na liście protestacyjnej polskich intelektualistów przeciw cenzurze PRL (List 34), był aktywnym członkiem Oddziału Warszawskiego Związku Literatów Polskich, występował przeciw cenzurze, opowiadał się za swobodą w działalności literackiej.

W czerwcu 1965 odebrano mu rentę specjalną, zawieszono w prawach członka Stowarzyszenia Dziennikarzy Polskich oraz zakazano publikacji, po interwencjach przyznano mu niską emeryturę. Oskarżono go o przekazywanie dziennikarzom paryskiej „Kultury” informacji szkalujących władzę. W październiku proces został zawieszony ze względu na jego stan zdrowia. Współpraca z „Kulturą” spowodowała również wszczęcie śledztwa przez prokuraturę 28 sierpnia 1967 z art. 23 & 1 mkk. Przy którejś ze spraw skierowano go na obserwację psychiatryczną. We wrześniu 1968 Grzędziński został przyjęty przez prof. Mariana Tulczyńskiego na oddział wewnętrzny Szpitala Grochowskiego, pomimo podejmowanych przez MSW prób przejęcia Grzędzińskiego, prof. Tulczyński odmawiał wydania pacjenta. W grudniu 1969 sprawę sądową Grzędzińskiego umorzono. Stan jego zdrowia stopniowo się pogarszał, zmarł 26 lutego 1975. Został pochowany na Cmentarzu Komunalnym na Powązkach (kwatera A19-8-19).