Dalglish został zwolniony z powodu braku sukcesów, a jego sukcesorem został Ruud Gullit.
Lee wypadł z łask nowego managera po wielu nieporozumieniach, czego efektem było nieprzydzielenie piłkarzowi numeru na nowy sezon. Przestał ponadto pełnić funkcję kapitana i został zmuszony do trenowania samemu. Następcą Gullita w Newcastle został Bobby Robson, za którego kadencji do pierwszej drużyny wrócił zarówno Lee jak i Alan Shearer, za którym Holender również nie przepadał.
Numer 7, należący wcześniej do Lee, otrzymał Kieron Dyer, ale na skutek nalegań Dyera, Lee z powrotem otrzymał koszulkę z tą liczbą. Robson sprawił, iż Lee stał się defensywnym pomocnikiem, którego głównym zadaniem było przytrzymywanie i rozgrywanie piłki.
W sezonie 2001/2002 Lee chciał przedłużyć kontrakt z klubem, ale Newcastle postanowiło zaczekać z negocjacjami do stycznia 2002 roku. Taki obrót sprawy nie spodobał się piłkarzowi, który poprosił o wystawienie na listę transferową, co wywołało zdziwienie kibiców oraz zaniepokojenie managera, który w końcu tę decyzję zaakceptował. W lutym 2002 Lee został sprzedany do Derby County za kwotę 250 tys. funtów.