W 1603 wraz z Samuelem Łaskim posłował w imieniu króla do Prus Książęcych by dopilnować tam interesów Korony po śmierci elektora Jerzego Fryderyka. Wspólnie z burmistrzem toruńskim Henrykiem Strobandem przygotował do druku zrewidowaną wersję prawa chełmińskiego pt. Ius terrestre nobilitatis Prussiae correctum Anno 1598.
Poseł województw pruskich na sejm zwyczajny 1605 rokuLeszek Andrzej Wierzbicki, Senatorowie koronni na sejmach Rzeczypospolitej, Warszawa 2017, s. 81.. 15 lutego 1605 otrzymał województwo chełmińskie. Po śmierci żony w 1605 r. przyjął jako wdowiec święcenia kapłańskie, a w połowie 1611 został przez króla mianowany biskupem chełmińskim. Zrezygnował wtedy z funkcji wojewody, choć jeszcze w sierpniu na sejmiku malborskim występował jako wojewoda. Na sejmie walnym z 1611 r. jako senator poparł króla w wojnie z Moskwą. Papieskie bulle z prowizją nadeszły w końcu 1611 r., a od lutego 1612 tytułował się jako biskup chełmiński i administrator pomezański. Jako ordynariusz był energicznym administratorem i gorliwym przedstawicielem nurtu kontrreformacyjnego kontynuując za swoimi poprzednikami dzieło reform potrydenckich. Popadł w zatargi z ewangelikami, którym odbierał dawne kościoły katolickie. Dbał także o gospodarkę, rzemiosło i handel, odremontował zamki biskupie w Wąbrzeźnie i Lubawie.