mały|left|Most w 1641 roku mały|Most, około 1870 roku mały|Most, około 1875 roku Most był wielokrotnie uszkadzany przez różne katastrofy. Według kronik most był uszkodzony w latach: 1533, 1544, 1570, 1584, 1595 i 1598.
W 1591 roku burmistrz Torunia Henryk Stroband apelował o modernizację mostu, który miał stanowić jeden z punktów obrony miasta. W latach 1632–1657 na moście użytkowano dwa duże przęsła. Jedno z nich miało długość 54,86 metrów, będąc tym samym najdłuższym przęsłem w Europie. W 1658 roku Most Niemiecki został zburzony podczas oblężenia miasta przez wojska polsko-austriackie.
Widok toruńskiego mostu na początku XVII wieku jest znany z dwóch rysunków: nieznanego autora z 1631 roku oraz angielskiego podróżnika Petera Mundy’ego z 1643 roku. Mundy dwukrotnie (1640, 1643) opisywał most w swoim dzienniku. W 1652 roku most opisał Robert Bargrave, inny angielski podróżnik odwiedzający Toruń. Most był również uwieczniany na monetach. W XIX wieku most był chroniony przez fort Przyczółek Mostowy.