Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1999 Åhus Horna BK 3. liga 22 11 2000 Halmstads BK Allsvenskan 13 1 2001 Halmstads BK Allsvenskan 26 6 2002 Halmstads BK Allsvenskan 26 5 2003 Halmstads BK Allsvenskan 25 3 2004 Halmstads BK Allsvenskan 13 2 2004/05 Southampton F.C. Premiership 16 0 2005/06 Panathinaikos AO Alpha Ethniki 17 0 2006/07 Panathinaikos AO Alpha Ethniki 21 0 2007/08 Panathinaikos AO Alpha Ethniki 23 0 2008/09 Panathinaikos AO Alpha Ethniki 21 0 2009/10 Brøndby IF Superligaen 30 1 2010/11 Brøndby IF Superligaen 32 2 2011/12 Brøndby IF Superligaen 15 0 2012/13 Fremad Amager 2. divisjon 1 0
Kariera reprezentacyjna W reprezentacji Szwecji Nilsson zadebiutował 20 listopada 2002 roku w zremisowanym 3:3 meczu z Czechami. W 2004 roku znalazł się w kadrze na Euro 2004, na których był podstawowym zawodnikiem i wystąpił we wszystkich trzech grupowych meczach, a następnie w przegranym po serii rzutów karnych spotkaniu ćwierćfinału z Holandią.
W 2006 roku selekcjoner reprezentacji Lars Lagerbäck powołał Nilssona na Mistrzostwa Świata w Niemczech.