Przez lata produkcji tych jednostek, Howaldtswerke-Deutsche Werft opracowała serię pakietów modernizacyjnych. Wiele okrętów typu 209 zostało zmodyfikowanych do standardu niemieckich okrętów typu 206A, a także otrzymało możliwość odpalania przeciwokrętowych pocisków manewrujących Sub-Harpoon. Po wejściu do służby niemieckich okrętów typu 212A, pojawiła się możliwość zastosowania w jednostkach typu 209 pakietu modernizacyjnego w postaci zapewniającego większą sprawność i wyciszenie silników elektrycznych z magnesami trwałymi (Permanent-Magnet Motor - PMM), zaawansowanej śruby oraz układu napędu niezależnego od powietrza, poprzez instalację sekcji z ogniwami paliwowymi.
Budowane w pięciu wariantach, w różnych krajach, których nazwy pochodzą od przybliżonej wyporności okrętów: 209/1100, 209/1200, 209/1300, 209/1400 i 209/1500. Pierwsze cztery okręty zostały zamówione przez Grecję w 1967.
Nabywcy +KrajWariant11001200130014001500Argentyna 2 Brazylia 5 Chile 2 Kolumbia 2 Ekwador 2 Grecja 4 4 Indie 4Indonezja 2 Korea Południowa 9 Peru 2 4 Południowa Afryka 3 Turcja 6 8 Egipt 4 Wenezuela 2