Żelisławski był przeciwny przyłączeniu klasztoru pelplińskiego do polskiej prowincji cystersów.
18 kwietnia 1562 otrzymał od Zygmunta Augusta nominację na biskupstwo chełmińskie, 9 października 1562 uzyskał zatwierdzenie papieskie, rządy w diecezji objął w 1563 r., a sakrę biskupią otrzymał 8 września 1564 w Płocku z rąk Wojciecha Staroźrebskiego. Jako ordynariusz chełmiński bez powodzenia usiłował ograniczać wpływy reformacji w diecezji. Utrzymał pozycję katolicyzmu jedynie w miastach biskupich i kapitulnych: Lubawie, Chełmży, Chełmnie i Kurzętniku. W walce z ewangelickimi władzami Chełmna wykazał zdecydowaną postawę, uzyskując z powodów politycznych wsparcie Rady Pruskiej. W Grudziądzu usiłował walczyć z reformacją przy pomocy katolickiego starosty Piotra Wojanowskiego z Dąbrówki. W 1565 wezwał miasto przed sąd konsystorski do Lubawy, jednak z powodu zarazy nie doszło do rozprawy, a w 1569 miasto to otrzymało przywileje wyznaniowe od króla. Spory dogmatyczne z ewangelikami Żelisławski prowadził głównie poprzez swojego kanclerza, Szymona Marycjusza. W 1564 obaj byli podejrzewani o błędną naukę w odniesieniu do Trójcy Świętej przez nuncjusza Jana Franciszka Commendonego oraz S. Hozjusza.