Mimo to, dzięki intuicyjności i lekkiej formie, program szybko zdobył popularność wśród początkujących producentów muzycznych.
W kolejnych latach FruityLoops był dynamicznie rozwijany, zyskując nowe funkcje, takie jak obsługa MIDI, możliwość nagrywania audio czy zintegrowany mikser. W 2003 roku, ze względu na zastrzeżenia prawne wobec skojarzeń z marką napojów „Froot Loops”, oraz aby podkreślić profesjonalizację produktu, nazwa programu została zmieniona na FL Studio.
Od tego czasu FL Studio konsekwentnie zyskiwało na znaczeniu jako cyfrowa stacja robocza audio (DAW), oferując coraz bardziej zaawansowane funkcje. Kluczowym wyróżnikiem programu była polityka dożywotnich darmowych aktualizacji dla wszystkich licencjonowanych użytkowników. FL Studio znalazło szerokie zastosowanie zwłaszcza w środowiskach muzyki elektronicznej i hip-hopu, co dodatkowo wpłynęło na jego rozwój i popularność. Na przestrzeni lat korzystali z niego zarówno amatorzy, jak i światowej klasy producenci muzyczni.