Maciej Knutel (1523), Jan Wojnarowski (1530), Szymon Gładysz (1570-1590), Sebastian Krupek (1595), Jan Brzeziński (1599), Franciszek Skarbek Borowski (początek XVII w.), Wojciech Sporecjusz (1616), Jan Olchawski (1629), Sadkowski (1642), Lucatellius (1665), Adam Styrkowski (1691-1715+), Stanisław Józef Hozjusz (1715-1720), Ludwik Siemieradzki (1720-1729), Stanisław Kręski (1729-1732), Franciszek Przanowski (1732-1742), Filip Borowski (1739-1753+), Jan Nepomucen Baier (1753-1756), Kazimierz Stęplowski (1756-1772+). Ostatni prepozyt, Antoni Żołędziowski (od 1773), rektor Akademii Krakowskiej, złożył rezygnację 26 maja 1783 roku.
Przy kościele św. Jakuba istniały dwa bractwa – starsze, o średniowiecznej genezie, Bractwo Ubogich, obsługiwane przez mansjonarzy, oraz założone w 1629 r. Arcybractwo Niepokalanego Poczęcia NMP, posiadające własnego kapelana, opiekujące się kaplicą bracką.