Powszechnie mówiono, że Anna Wazówna miała duży wpływ na króla, m.in. w zakresie nominacji na stanowiska, dlatego senatorowie zabiegali o utrzymanie dobrych relacji z królewną. Korespondowała z dygnitarzami, urzędnikami, biskupami, przedstawicielami rodzin magnackich. Szczególnie dużo uwagi poświęcała kontaktom z biskupami diecezji chełmińskiej, warmińskiej i kujawskiej. Miała bardzo dobre relacje z Anną Jagiellonką. Przyjaźniła się z Urszulą Meierin. Podczas wielu uroczystości rodzinnych i państwowych Anna Wazówna zajmowała wyeksponowane miejsce. W Rzeczypospolitej miała jednak wielu przeciwników. Jej autorytet był podważany, m.in. ze względu na protestantyzm. Represje dotykały jej zwolenników. Trybunał w Lublinie po śmierci Anny Wazówny uznał, że Samuel Światopełk Bolestraszycki dopuścił się nadużycia, dedykując jej kalwiński utwór, a jej nadworny kaznodzieja Andrzej Babski, który podał jej na łożu śmierci komunię, został pobity i uwięziony za karę, że nie odwiódł jej od protestantyzmu. thumb|Pałac Anny Wazówny w Brodnicy thumb|Zamek w Golubiu Chcąc uciszyć głosy o uleganiu siostrze, a jednocześnie zapewnić jej godne utrzymanie, co było konieczne z powodu fiaska planów odzyskania tronu szwedzkiego i nieudanych prób wydania Anny za mąż, Zygmunt III nadał Wazównie w 1604 r. starostwo w Brodnicy, a w 1611 r. w Golubiu.