Poza przybrzeżnymi i sztucznymi (jak Wyspa Nowakowska, Piławski Ostrów, wyspy Zatoki Elbląskiej, Wyspa Estyjska) na zalewie nie ma wysp.
Zalew Wiślany łączy się z Morzem Bałtyckim wąskim kanałem usytuowanym w rosyjskiej części akwenu (Cieśnina Piławska), przez który w czasie silnych sztormów następują wlewy wód morskich. Zasolenie wód zalewu jest w związku z tym wyższe niż w klasycznym zbiorniku słodkowodnym, przy czym jest on nierównomiernie zasolony. Stopień zasolenia maleje wraz z odległością od Bałtyjska, położonego w bezpośrednim sąsiedztwie Cieśniny Piławskiej: w rejonie cieśniny wynosi średnio 5,5 promili, natomiast koło Krynicy Morskiej – około 2,2 promili.
Zalew Wiślany charakteryzuje się bardzo szybkimi zmianami poziomu wody, dochodzącymi do 1,5 m w ciągu doby, powodowanymi wiatrami. Przy brzegach ciągną się rozległe pasy szuwarów, osiągające szerokość setek metrów.
thumb|Zalew Wiślany z okolic Piasków na Mierzei Wiślanej, widok w kierunku Fromborka
Przyroda ożywiona Najważniejsze obszary lęgowe ptaków (m.in. hełmiatka, ohar i czapla siwa) znajdują się w Zatoce Elbląskiej i w rejonie ujścia Pasłęki.