Istnieje jednak grupa ludzi niepodłączonych. Wśród nich jest między innymi załoga statku Nabuchodonozor, której kapitanem jest Morfeusz.
Morfeusz uwalnia Neo z Matriksa, wierząc, że jest on Wybrańcem, przepowiedzianym przez Wyrocznię wybawicielem i człowiekiem, który zakończy wojnę i przyniesie pokój. Sam Neo jest raczej sceptyczny wobec swoich umiejętności – pod okiem Morfeusza stopniowo uczy się jednak naginać i łamać reguły systemu komputerowego.
Dla maszyn ludzie wyzwoleni, nieprzynoszący energii, a jedynie uwalniający innych, są szkodnikami. Istnieje specjalna grupa programów, zwanych agentami. Na ich czele stoi agent Smith. Są oni strażnikami Matriksa, ścigają i zabijają osoby, których wirtualne ego wysyłane jest za pomocą pirackiego sygnału. Agenci odznaczają się nadnaturalną siłą i szybkością, są zdolni do unikania pocisków i przejmowania ciała dowolnego człowieka żyjącego w Matriksie. Są nieśmiertelni, lecz zasady ich bytu i zachowań zostały ograniczone regułami programu komputerowego. Wybraniec mógłby je jednak złamać i pokonać agentów.