Osiadł w rezydencji biskupów włocławskich w Wolborzu. Na swoim dworze biskupim otoczył się wieloma zwolennikami protestantyzmu, co spowodowało napomnienie papieża Leona XI. W 1555 nuncjusz apostolski w Polsce Luigi Lippomano przedstawił przeciwko niemu 15 zarzutów, m.in. oskarżył go o sprzyjanie Andrzejowi Fryczowi Modrzewskiemu, którego niektóre dzieła objęte zostały cenzurą kościelną. W 1556 jako poseł królewski odwoził Zofię Jagiellonkę do Brunszwiku. Po drodze zetknął się potajemnie z wieloma działaczami reformacji m.in. Matthiasem Flaciusem, któremu obiecał szukać na Litwie ruskich tekstów Biblii. Po powrocie stanął przed sądem nuncjusza, który uzyskał gotowe brewe papieskie, zawieszające w razie potrzeby Drohojowskiego od czynności biskupich. Trwający w 1556 proces wykazał wiele błędów doktrynalnych biskupa, ten jednak pozornie zerwał związki z protestantami i 20 czerwca 1556 wysłał list wyjaśniający do papieża Pawła V.
Dopiero na łożu śmierci wyznał publicznie, że żałuje, że nie opuścił kościoła katolickiego.
Przypisy