W obronie muzeum jego pracownicy w marcu 1995 roku przesłali specjalny list do papieża Jana Pawła II, oflagowali budynek, zbierano pod protestem podpisy mieszkańców Trójmiasta, „Dziennik Bałtycki” drukował specjalne karty do podpisu przez czytelników. 14 czerwca 1995 Komisja Majątkowa przy Urzędzie Rady Ministrów odrzuciła pretensje franciszkanów.
W 2017 6 oddziałów zwiedziło łącznie 162 137 zwiedzających.
Dyrektorzy Jan Chranicki (1948–1970) Janusz Wąsowicz (1970–1974) Jan Przała (1974–1980) Józef Kuszewski (1980–1983) Teresa Milewska (1983–1988) Tadeusz Piaskowski (1988–2004) Wojciech Bonisławski (2004–2019) Jacek Friedrich (2020–2024) Piotr Stasiowski (od 2024)
Oddziały Muzeum Zdjęcie Oddział Adrescenter|150px Oddział Sztuki Dawnej – gmach główny Toruńska 1 80-822, Gdańskcenter|150px Oddział Sztuki Nowoczesnej (Pałac Opatów) Cystersów 18 80-330, Gdańskcenter|150px Oddział Etnografii (Spichlerz Opacki) Cystersów 19 80-330, Gdańskcenter|150px Oddział Zielona Brama Gdańska Galeria Fotografii Długi Targ 24 80-828, GdańskNomus – Nowe Muzeum SztukiJaracza 14 80-863, Gdańskcenter|150px Muzeum Hymnu Narodowego w Będominie Będomin 16 83-422,