Funkcjonujące w ramach muzeum oddziały archeologiczny, morski i historyczny dały początek samodzielnym obecnie gdańskim muzeom: w roku 1960 Muzeum Morskiemu, w 1962 Muzeum Archeologicznemu, a w 1971 Muzeum Historycznemu Miasta Gdańska (obecnie Muzeum Gdańska). mały|lewo|Hans Memling, Sąd Ostateczny (1467-1471) 7 maja 1972 Muzeum Pomorskie przemianowano na Muzeum Narodowe. Posiada obecnie oddziały: Muzeum Hymnu Narodowego w Będominie (od 1978 roku, w dworku Józefa Wybickiego; zbiory o charakterze patriotycznym, skupia ekspozycje wokół tematów związanych z Mazurkiem Dąbrowskiego i Józefem Wybickim); Muzeum Etnograficzne, początkowo dział, od roku 1979 oddział, od 1988 w Spichrzu Opackim w Oliwie (na terenie Klasztoru Cystersów w Oliwie), posiadające także kolekcje z zakresu kultur pozaeuropejskich oraz obiekty dotyczące ludności przesiedlonej z Kresów II Rzeczypospolitej Polskiej; oddział Sztuki Współczesnej w Pałacu Opatów w Oliwie (od 1988, gromadzi i udostępnia kolekcje obrazujące najważniejsze prądy w nowoczesnej sztuce polskiej; zbiory skupione są w działach: malarstwa i rysunku, grafiki i tkaniny artystyczne, ceramiki i rzeźby); Gdańska Galeria Fotografii (od 1995, ul.