Zmarł 26 sierpnia roku 1808 w podwiedeńskim Baden.
Dokończył odbudowę kaplicy Imienia Najświętszej Maryi Panny w katedrze wileńskiej, po jego śmierci umieszczono w niej upamiętniające go epitafium.
Twórczość Ważniejsze utwory, kazania i mowy Dziennik mego życia r. 1781 (od 1 września 1781 do 16 września 1782), z rękopisu wyd. J. Weyssenhoff: Pamiętnik ks. Jana Nepomucena Kossakowskiego, biskupa wileńskiego (ur. 1755, †1808), Biblioteka Warszawska 1895, t. 2 Pamiętnik życia mojego, zaczęty w Rzymie roku 1782 (od 16 maja 1755 do 1781), z rękopisu wyd. J. Weyssenhoff: Pamiętnik ks. Jana Nepomucena Kossakowskiego, biskupa wileńskiego (ur. 1755, †1808), Biblioteka Warszawska 1895, t. 2 Kazanie o miłości ojczyzny... miane roku 1789, Wilno (1790); wyd. 2 Wilno 1803, (kazanie to inauguruje cykl kazań o charakterze patriotycznym, zobacz poz. 6, 8-13) Kazanie na pogrzebie... Aleksandra Pocieja, wojewody trockiego, Wilno (1790) Kazanie na pogrzebie... Tomasza Zienkowicza, sufragana i dziekana wileńskiego, Wilno (1790) Kazanie o zachowaniu praw narodowych... miane r. 1790, Wilno (1790) Kazanie na uroczystość poświęcenia kościoła w Wojtkuszkach, dobrach dziedzicznych... Michała i Barbary z Zyberków Kossakowskich, Wilno 1791 Kazanie o spełnieniu powinności stanu, powołania i urzędu... miane r. 1791, Wilno (1791);