Płaskie pieczywo wypiekano w wielu kulturach starożytnego basenu Morza Śródziemnego i Bliskiego Wschodu. Wypieki te są traktowane jako odlegli poprzednicy pizzy, jednak jej współczesna postać powstała znacznie później w okolicach Neapolu. Od końca XVII wieku działały tam pracownie przygotowujące okrągłe placki z ciasta, przyprawiane między innymi tłuszczem wieprzowym, serem, pieprzem i bazylią. W połowie XVIII wieku w Neapolu funkcjonowały już pizzerie wyposażone w stoły dla klientów.
Znaczenie dla rozwoju współczesnej pizzy miało zastosowanie pomidorów sprowadzonych do Europy z Ameryk. W XIX wieku pizza stała się charakterystycznym, popularnym daniem miejskim Neapolu. Opisywali ją między innymi Alexandre Dumas, Emanuele Rocco i Salvatore Di Giacomo.
Z nazwą pizzy Margherita wiąże się popularna opowieść, według której w 1889 roku neapolitański pizzaiolo Raffaele Esposito przygotował dla królowej Małgorzaty Sabaudzkiej pizzę z pomidorami, mozzarellą i bazylią, której kolory miały odpowiadać barwom flagi Włoch. Historyczność tej opowieści jest kwestionowana. Zachary Nowak, analizując dokumenty archiwalne, pieczęcie i charakter pisma, uznał list z podziękowaniem eksponowany w Pizzerii Brandi za falsyfikat.