Redaktor naczelny (od 2007) serii Studia Copernicana. Twórca i redaktor naukowy serii „Biblioteka Klasyków Nauki” wydawanej przez Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego oraz serii "Bibliotheca Heveliana" wydawanej przez Instytut Historii Nauki PAN i PAN Bibliotekę Gdańską. Od 2010 kieruje polskim zespołem, działającym w ramach międzynarodowego projektu edycji korespondencji Jana Heweliusza pod egidą Union Académique International oraz Académie Internationale d’Histoire des Sciences.
W 2007 Jarosław Włodarczyk opublikował w czasopiśmie „Journal for the History of Astronomy” pracę, w której udowadnia, że Mikołaj Kopernik stosował do obserwacji zaćmień Słońca camera obscuraJarosław Włodarczyk, Solar Eclipse Observations in the Time of Copernicus: Tradition or Novelty? Journal for the History of Astronomy, Vol. 38, Nr 3, 2007, s. 351–364(14).. Włodarczyk porównał wyniki uzyskane przez Kopernika z wyliczonymi współcześnie maksymalnymi fazami zaćmień Słońca we Fromborku. Różnice pomiędzy nimi mogły wynikać z błędów generowanych przez camera obscura.