We wrześniu 1940 został powołany na funkcję komendanta Hufca Mokotów Górny w Warszawskiej Chorągwi Szarych Szeregów (Ul „Wisła”). Organizator i pierwszy komendant „Zawiszy” w Szarych Szeregach, kierownik wydziału Głównej Kwatery Szarych Szeregów „Pasieki”. Był także członkiem Komendy Głównej organizacji „Wawer”, brał udział w licznych akcjach małego sabotażu. Współtwórca Akcji „M” (Młodzież), redaktor pisma „Wigry”. Po aresztowaniu naczelnika Szarych Szeregów Floriana Marciniaka i objęciu tej funkcji przez Stanisława Broniewskiego „Orszę” został komendantem Ula „Wisła”. Organizował w chorągwi szkolenia wojskowe, dywersyjne i w zakresie metodyki harcerskiej. Od marca 1943 był też wizytatorem Lwowskiej Chorągwi Szarych Szeregów (Ul „Lew”) z ramienia „Pasieki”.

Jego brat Tadeusz Mirowski, poległ 1 czerwca 1943 w Warszawie, broniąc się przed zatrzymaniem przez patrol żandarmerii.

W grudniu 1942 roku ukończył kurs Szkoły Podchorążych Rezerwy Piechoty „Agricola” AK w stopniu sierżanta podchorążego, a 1 maja 1944 został awansowany do stopnia podporucznika Armii Krajowej.