Ostatnia żona Władysława II Jagiełły Zofia Holszańska sprawiła katedrze srebrny i pozłacany relikwiarz na głowę (późniejszy relikwiarz św. Floriana); Elżbieta Rakuszanka dla relikwii głowy świętego sprawiła szczerozłoty i kameryzowany relikwiarz ozdobiony półplastycznymi scenami z żywota św. Stanisława wykonany przez Marcina Marcińca; zaś Anna Jagiellonka wzbogaciła wspomniany dar Zofii Holszańskiej o szczerozłotą koronę wotywną. Przez wieki ołtarz była miejscem składania wotów, trofeów wojennych, np. przez króla Władysława Jagiełłę, który po zwycięstwie grunwaldzkim zawiesił przy grobie świętego chorągwie krzyżackie.
Obecne mauzoleum zostało wzniesione z fundacji biskupa Marcina Szyszkowskiego w latach 1626–1629 według projektu Jana Trevano. Wtedy szczątki świętego umieszczono w trumnie-relikwiarzu, ufundowanym przez Zygmunta III Wazę, a oddanym po śmierci króla do katedry przez jego synów: Władysława IV, który ufundował również srebrny, pozłacany posąg Św. Stanisława z Piotrowinem, oraz królewicza Jana Kazimierza. Jednakże ani posąg, ani trumna nie przetrwały potopu szwedzkiego. Ołtarz srebrny Świętego Stanisława w formie tryptyku szafiastego ofiarowany przez Zygmunta I Starego, w czasie potopu szwedzkiego został ukryty przez kanonika Szymona Starowolskiego i zakopany na cmentarzysku przy katedrze.