Lubuski Regionalny Program Operacyjny dzieli się na pięć priorytetów merytorycznych: Rozwój infrastruktury wzmacniającej konkurencyjność regionu – 146 863 974 euro, Stymulowanie wzrostu inwestycji w przedsiębiorstwa i wzmocnienie potencjału innowacyjnego – 99 907 448 euro, Ochrona i zarządzanie zasobami środowiska przyrodniczego – 69 937 342 euro, Rozwój i modernizacja infrastruktury społecznej – 73 543 153 euro, Rozwój i modernizacja infrastruktury turystycznej i kulturowej.
W ramach LRPO realizowany jest również szósty priorytet Pomoc Techniczna, służący wsparciu finansowemu Instytucji Zarządzającej (Zarządu Województwa Lubuskiego).
Zgodnie z Ustawą o zasadach prowadzenia polityki rozwoju, Instytucja Zarządzająca LRPO przyjęła 1 kwietnia 2009 rozszerzony Indykatywny Plan Inwestycyjny, obejmujący swym zakresem 120 projektów z Priorytetów I,III,IV,V, które mogą uzyskać dofinansowane bez konieczności przeprowadzenia procedury konkursowej.