Śmierć Jean Daniélou zmarł 20 maja 1974 roku, w mieszkaniu „Mimi” Santoni, prostytutki z ulicy Dulong w Paryżu. Według niektórych źródeł, po przybyciu na miejsce karetki pogotowia był całkowicie rozebrany (policyjny raport natomiast mówi o rozerwanej na piersiach koszuli, co wyklucza nagość). Niepotwierdzone opinie mówią że przyczyną śmierci kardynała był zawał serca podczas orgazmu; zakon jezuitów, zaraz po tym zdarzeniu przedstawił na łamach „Le Figaro” inną wersję wydarzeń. Ich zdaniem Daniélou odwiedził prostytutkę, aby wesprzeć ją finansowo i przekazał jej pieniądze na wyjście jej męża z więzienia za kaucją, a odszedł „w apostolskiej epektasis, na spotkanie Boga żywego”. Podobnie sprawę tłumaczył kardynał Giovanni Battista Re, bliski współpracownik Jana Pawła II i kardynał Paul Poupard, przyjaciel Daniélou. Ich zdaniem ten udał się do prostytutki, by „odkupić jej grzechy” i „ocalić jej duszę”. Jego brat Alain nazwał oskarżenia o niemoralne życie „pośmiertną vendettą”
Rodzina Brat Jeana Daniélou, Alain, był znanym hinduistą. Był również homoseksualistą i żył w długotrwałym związku ze szwajcarskim fotografem Raymondem Burnierem.