Okres międzywojenny i II wojna światowa W 1920 roku władze nad muzeum objęli Polacy, Muzeum przyjęło nazwę Muzeum Miejskiego. W okresie międzywojennym ze względu na trudności finansowe oraz niechęć władz miasta do podjęcia decyzji co do przyszłości instytucji, Muzeum popadło w stagnację. Dzięki staraniom dr Ottona Steinborna w lipcu 1929 roku utworzono stanowisko kustosza Muzeum Miejskiego, które objął dr Gwido Chmarzyński.
Pod koniec 1930 roku dzięki staraniom Gwida Chmarzyńskiego w skład zbiorów Muzeum Miejskiego weszły również zbiory Towarzystwa Naukowego w Toruniu, które w 1876 roku przy ul. Łaziennej 6 (wówczas ul. Białej 70) założyło swoje prywatne muzeum. W skład zbiorów weszły również przedmioty z Gimnazjum Akademickiego: dzieła sztuki, instrumenty naukowe, okazy roślin i zwierząt.
W marcu 1935 roku przy ul. Chopina rozpoczęto przygotowania do utworzenia Muzeum Narodowego (Muzeum Ziemi Pomorskiej). Budowę siedziby muzeum przerwał wybuch II wojny światowej. We wrześniu 1939 roku Muzeum Miejskie przejęli Niemcy. Tymczasowo Muzeum przeniesiono do kamienicy przy Rynku Staromiejskim 7. Niemcy planowali budowę nowej siedziby, na miejscu budynku poczty przy Rynku Staromiejskim. Podczas wojny władze niemieckie organizowały w Ratuszu wystawy propagandowe.