Proces rozpoczął się 24 kwietnia 1997 roku, ale pierwsze czynności procesowe przesunięto na 18 maja, kiedy wyszło na jaw, że adwokat dla współoskarżonego Egipcjanina, Emad Abdel-Hamid Ismail, nie będzie obecny na rozprawie. W międzyczasie Egipski Syndykat Prawników otrzymał list podpisany przez dwunastu prawników, w którym stwierdzano, że broniąc Azzama, jego adwokat Farid Deeb, „pokalał wspaniałą historię Syndykatu Prawników”. W liście zażądano podjęcia kroków dyscyplinarnych przeciwko Deebowi, za „podjęcie się obrony izraelskiego szpiega”; w odpowiedzi na to Syndykat zdecydował się postawić Deeba przed swym komitetem dyscyplinarnym 11 czerwca. Podczas procesu Azzama, reprezentant Syndykatu zażądał od sądu, aby ten uniemożliwił Deebowi obronę Azzama, twierdząc że oskarżony działał przeciwko egipskim interesom narodowym. Sąd odrzucił ten postulat, wskazując na to, że każdy człowiek ma prawo do obrony i prawnej reprezentacji. Jednak w efekcie tego zamieszania, oskarżyciel dodał do aktu oskarżenia zarzut, iż Azzam był agentem Mosadu, działającym na szkodę interesów narodu egipskiego. To pozwoliło prokuratorowi zażądać kary śmierci dla oskarżonego.