Podróż rozpoczął w październiku 1550 roku, a towarzyszyli mu Juan de Fernández i Bernardo z Kagoshimy. Po drodze odwiedzili Yamaguchi, gdzie spotkali daimyō Yoshitakę Ōuchi. Misjonarze piętnowali tam głównie bałwochwalstwo, sodomię i aborcję. Podobnie jak w Kagoshimie nie odnieśli sukcesów duszpasterskich. W lutym 1551 roku dotarł do Mijako, jednak nie spotkał się z cesarzem, który nie miał zresztą żadnej realnej władzy. Zrozumiał także, że ubogi strój wprawiał Japończyków w niesmak, dlatego opuścił Mijako i powrócił do Yamaguchi, by spotkać się z daimyō w najlepszych szatach i obdarować go cennymi prezentami. Przyniosło to skutek, bowiem feudał wydał zgodę na kontynuację pracy misyjnej, a ponadto przekazał mu opuszczony klasztor buddyjski. Misjonarze przystąpili do głoszenia nauk i w ciągu dwóch miesięcy nawrócili około 500 osób, co poważnie zaniepokoiło buddyjskich mnichów. Na zaproszenie daimyō Sōrina Ōtomo udał się do prowincji Bungo jesienią 1551 roku. Dzięki przychylności Sōrina Ōtomo oraz Yoshinagi Ōuchi misje jezuickie zyskały protektorów. Podczas podróży powrotnej do Indii, Franciszek dowiedział się, że został wybrany na prowincjała Indii i terytoriów zamorskich Portugalii.