Amerykańska flaga powiewająca na posiadłości Bakera została skonfiskowana, a on wraz żoną zostali aresztowani 25 sierpnia pod zarzutem spisku politycznego.
Wydarzenia z sierpnia 1827 stały się zarzewiem konfliktu dyplomatycznego między Stanami Zjednoczonymi a Wielką Brytanią, którego wynikiem była mediacja prowadzona przez króla Niderlandów. Rozstrzygnięciem tejże był werdykt wydany w 1831, zaakceptowany przez Wielką Brytanię, lecz odrzucony przez Stany Zjednoczone. Mimo tego faktu nie doszło do działań militarnych żadnej ze stron aż do 1838, kiedy to wybuchł konflikt zwany wojną o Aroostook. Ostatecznie granica między Maine i koloniami brytyjskimi została unormowana traktatem Webstera-Ashburtona. Większa część „terytoriów” republiki została włączona do Stanów Zjednoczonych.
Choć Republika Madawaska tak naprawdę nigdy nie istniała, ograniczona była do dwóch osób (Bakera i jego żony), a kontrolowany przez nich obszar, mimo ich roszczeń, obejmował jedynie teren farmy Bekerów, historyczne jej życie jest dużo bardziej znaczące. Początkowo sprawa republiki poszła w zapomnienie. Przypomniano ją sobie dopiero w połowie lat trzydziestych XX wieku i potraktowano jako barwna legendę oraz element historycznej tradycji prowincji Nowego Brunszwiku.