Po kapitulacji Donnington Boys powrócił do Kentu. Za postawę podczas walk o zamek otrzymał urząd lorda strażnika Pięciu Portów. W sierpniu 1648 r. podjął nieudaną próbę opanowania zamku Walmer. W tym samym został zastąpiony na stanowisku lorda strażnika przez sir Agernona Sydneya. W 1659 r. Boys został uwięziony w zamku w Dover za „petycję w sprawie wolnego parlamentu”. Został uwolniony 23 lutego 1660 r. Z łaski nowego króla Karola II został urzędnikiem miejskim w Dover.
Zmarł kilka lat później, 8 lutego 1664 r. Został pochowany w kościele parafialnym w Goodnestone-next-Wingham, niedaleko Canterbury. Był dwukrotnie żonaty. Ze swoją pierwszą żoną, Lucy, miał pięć córek. Z drugą, Elizabeth Fotherby, córką sir Johna Fotherby’ego of Barham, nie miał dzieci.
Zobacz też Royal Berkshire History - sir John Boys
Kategoria:Angielska szlachta Kategoria:Angielscy wojskowi Kategoria:Urodzeni w 1607 Kategoria:Zmarli w 1664