W latach osiemdziesiątych XIII wieku Dorpat dołączył do Hanzy, stając się ośrodkiem kultury niemieckiej aż do końca XIX wieku.
Czasy polskie i szwedzkie mały|lewo|XVI-wieczna panorama miasta W 1558 roku od najazdu cara Iwana Groźnego rozpoczęły się wojny inflanckie. Dorpat poddał się bez walki, a biskup został uwięziony w Moskwie – był to koniec biskupstwa w Tartu. W 1582 roku, po pokoju w Jamie Zapolskim, miasto stało się częścią Wielkiego Księstwa Litewskiego, a później Rzeczypospolitej Obojga Narodów. W tym okresie (1583) w mieście ufundowana została szkoła jezuicka Gymnasium Dorpatense, a król polski Stefan Batory nadał miastu flagę w polskich barwach narodowych. W 1584 roku król nadał Dorpatowi prawo składuStan Lewicki, Historja handlu w Polsce na tle przywilejów handlowych: (prawo składu), Warszawa 1920, s. 148.. W 1586 powstało tutaj kolegium jezuickie. Od 1598 roku miasto było stolicą województwa dorpackiego (do 1660).
Na przełomie 1600 i 1601 roku szwedzka armia księcia Karola Sudermańskiego obległa miasto.