Po śmierci Henryka VIII Cheney utrzymał się na dworze królewskim. W 1547 r., podczas wyprawy Lorda Protektora, księcia Somerset, na Szkocję, Cheney zasiadał w Radzie Regencyjnej. W 1553 r. sprzeciwił się planom osadzenia na tronie Jane Grey i poparł księżniczkę Marię Tudor. Po jej wstąpieniu na tron jako jedyny zachował wszystkie swoje urzędy. Zmarł niedługo po wstąpieniu na tron Elżbiety I.
Cheney był dwukrotnie żonaty. Po raz pierwszy ożenił się pomiędzy 1509 a 1514 r. z Frideswide Frowich. Miał z nią troje dzieci: Frances, Johna i Cecily (lub Catherine). Jego drugą żoną była Anne Broughton (zm. 1561), córka sir Johna Broughtona. Ślub odbył się w 1539 w Toddington w Bedfordshire. Thomas miał z Anne jednego syna, Henry’ego, 1. barona Cheney.
Cheney, Thomas Cheney, Thomas Cheney, Thomas Cheney, Thomas