Budynek kościoła, na mocy wyroku sądowego, został zwrócony kościołowi rzymskokatolickiemu. W związku z tym, w latach 1978–1982 wybudowano dla parafii nowy kościół (arch. Wacław Kozieł).
Od początku istnienia parafii w kotłowskim kościele znajduje się obraz Matki Bożej Królowej Kotłowskiej koronowany przez ks. biskupa Tadeusza Majewskiego w dniu 24 września 1973. Obraz w ołtarzu głównym przedstawia Matkę Boską z dzieciątkiem Jezus unoszącą się w obłokach w otoczeniu aniołów, po lewej stronie klęczy św. Wojciech, a po prawej św. Stanisław Biskup. Obraz Matki Bożej Królowej Kotłowskiej w Sanktuarium jest wierną kopią obrazu Matki Boskiej ze świątyni rzymskokatolickiej w Kotłowie namalowanego w 1605. 19 września 1982 biskupi Kościoła Polskokatolickiego dokonali Konsekracji Kościoła, nadając mu tytuł Sanktuarium Matki Bożej Królowej Kotłowskiej. Nadanie tytułu i podniesienie sanktuarium do rangi Prokatedry pw. Narodzenia Najświętszej Maryi Panny w Kotłowie odbyło się dekretem z dnia 16 sierpnia 1994.
8 września 2008 obchodzony był w parafii jubileusz 900-lecia chrześcijaństwa na ziemi kotłowskiej, zakończenie jubileuszu powstania 35-lecia parafii oraz 30-lecie poświęcenia dolnej części świątyni.