Golden Disk Awards.
W listopadzie 2006 powstała pierwsza podgrupa, Super Junior-K.R.Y, w której skład weszli najzdolniejsi członkowie pod względem wokalnym - Kyuhyun, Ryeowook i Yesung. Zespół wykonał swój pierwszy singel „The One I Love” (kor. 한 사람만을) 2 listopada, piosenkę przewodnią koreańskiego serialu telewizyjnego Hyena, do którego także nagrali utwór „The night Chicago died”. Piosenkę „The One I Love” wykonali w programie muzycznym Music Bank 5 listopada 2006 roku.
2007–2008: Przełom i drugi album Don’t Don W lutym 2007 roku powstała kolejna podgrupa, Super Junior-T, w której skład weszli Leeteuk, Heechul, Kangin, Shindong, Sungmin i Eunhyuk. Podgrupa wykonywała muzykę trot. Pierwszy singel grupy „Rokkugo!!!” (kor. 로꾸거!!!) ukazał się 23 lutego 2007 roku, a dwa dni później zadebiutowali w programie Inkigayo.
Drugi album studyjny Don’t Don ukazał się 20 września 2007 roku, debiutując od razu na pierwszym miejscu najważniejszych list przebojów Korei. W pierwszym tygodniu album sprzedano w liczbie 60 tys. kopii. Pod koniec roku sprzedaż albumu wzrosła do , co sprawiło, że Don’t Don stał się drugim najlepiej sprzedawanym albumem tego roku. Album odniósł także ogromny sukces na Tajwanie.