Zainspirowany koncepcją japońskiej grupy Morning Musume, Lee powiedział, że jego nowa grupa będzie również doświadczać zmian w składzie, a nowi członkowie będą co roku zastępować niektórych członków, aby utrzymać grupę stale młodą i wszechstronną.
Zanim grupa zyskała obecną nazwę, firma po prostu nazywała ich „juniorami”, jako odniesienie do młodego wieku, w którym po raz pierwszy zostali stażystami SM Entertainment. Ostatecznie zadebiutowali jako Super Junior 05 – pierwsza generacja Super Junior. Pierwszy występ zespołu przed oficjalnym debiutem odbył się na kanale Mnet 11 września 2005 roku. Oficjalnie zadebiutowali w programie muzycznym Inkigayo 6 listopada, gdzie wykonali główny singel z pierwszego albumu – piosenkę „Twins (Knock Out)”, a debiutancki album studyjny Super Junior05 ukazał się 5 grudnia 2005 roku. Album ten w pierwszym miesiącu dystrybucji sprzedał się w nakładzie kopii, co dało trzecie miejsce na koreańskiej liście przebojów.
W lutym 2006 roku Super Junior 05 rozpoczęli występy z piosenką „Miracle”, drugim singlem promocyjnym z debiutanckiego albumu. Piosenka uplasowała się na szczycie tajwańskiej listy przebojów, przyciągając uwagę zagranicznych mediów.