W związku z aferą Art-B i ujawnieniem tzw. oscylatora był obwiniony o zaniedbania w nadzorze nad bankami, co doprowadziło do żądań jego odwołania ze stanowiska prezesa NBP. Ponieważ ówczesny stan prawny nie przewidywał takiej możliwości, to marszałek Sejmu Mikołaj Kozakiewicz wezwał go do powstrzymania się od pełnienia obowiązków, czemu Grzegorz Wójtowicz się podporządkował. Po nowelizacji przepisów dotyczących NBP został odwołany ze stanowiska. W związku z zarzutami został zatrzymany, a następnie przez kilka miesięcy był tymczasowo aresztowany. Ostatecznie został uniewinniony od popełnienia zarzucanych mu czynów.
Był także członkiem rady nadzorczej Funduszu Obsługi Zadłużenia Zagranicznego. W 1993 został m.in. przeciwko niemu skierowany akt oskarżenia w sprawie tzw. afery FOZZ, który jednak został przez sąd zwrócony prokuratorowi. Drugim (uzupełnionym przez oskarżyciela publicznego) aktem oskarżenia w tej sprawie z 1998 nie był już objęty.
Od 1992 pracował w sektorze prywatnym, m.in. pełnił funkcję dyrektora finansowego w przedsiębiorstwie Sobiesława Zasady. W latach 1996–1998 był prezesem rady nadzorczej Banku Handlowego, a następnie przewodniczącym rady nadzorczej Banku Gospodarki Żywnościowej.