Niestaranność budowniczych w czasie prac przy wznoszeniu cerkwi sprawiła, że mury świątyni systematycznie były zawilgacane przez wody gruntowe. Ponadto w 1879, z powodu złego usytuowania kominów piecowych, doszło do zapalenia się poszycia dachu i zawalenia się więźby dachowej do wnętrza obiektu. Za sumę 11 500 rubli cerkiew odbudowano. Kompletowanie zniszczonego wyposażenia obiektu trwało do 1905 – jako ostatnie powstały królewskie wrota w ikonostasie. W 1914 świątynia sokólska otrzymała status soboru.
W 1915 prawosławni mieszkańcy Sokółki udali się na bieżeństwo. Porzucona cerkiew została zdewastowana przez wojska niemieckie. Ponownie została otwarta dla potrzeb kultu w 1919. Jest odtąd nieprzerwanie czynna. W czasie okupacji niemieckiej rozebrana została cerkiewna dzwonnica bramna – pod pretekstem, że jest schronieniem partyzantów.
W 2010 z inicjatywy proboszcza parafii sokólskiej ks. Włodzimierza Misiejuka podjęto jej odbudowę. 12 września 2011 odbyło się poświęcenie 5 dzwonów i krzyża, które następnie umieszczono na niedokończonej jeszcze dzwonnicy. Dwa lata później ukończono odbudowę;