Była animatorką projektów upamiętnienia ofiar getta warszawskiego, Jedwabnego i SrebrenicyCzytając My z Jedwabnego, „Gazeta Wyborcza”, nr 226, 2004; „Tora ku pamięci”, „Znak”, nr 2 (609), 2006; Patrzeć na ekshumację, „Gazeta Wyborcza”, nr 30, 2008; „Irena i Anna”, „Polis”, „Polis”, nr 3 (21), 1997.
Po 1989 współtworzyła Ruch Obywatelski Akcja Demokratyczna. Związana z organizacjami pozarządowymi. 21 października 1993 została wybrana zastępcą członka Trybunału Stanu. Współzałożycielka Helsińskiej Fundacji Praw Człowieka, w latach 2007–2012 przewodnicząca Rady Fundacji. Przed wstąpieniem Polski do UE pracowała w Fundacji „Polska w Europie”. Współzałożycielka Stowarzyszenia Przeciw Antysemityzmowi i Ksenofobii „Otwarta Rzeczpospolita” (2000).
W ramach prowadzonych przez siebie warsztatów dziennikarskich (m.in. dla studentów, młodych dziennikarzy, młodzieży szkolnej czy osób osadzonych w zakładach karnych) Halina Bortnowska zajmowała się promowaniem światowych standardów dziennikarstwa. Od 1992 była animatorką Warsztatów Dziennikarskich Młodych „Polis” w Warszawie. Do 1999 redaktor naczelny „Polis – pisma o sztuce życia publicznego”. Inicjatorka projektu Internetowa Gazeta Festiwalu Nauki. Brała udział w dyskusjach publicznych dotyczących m.in.