Jednak w czasie ostatecznego, jawnego głosowania nad wyrokiem Vergniaud zagłosował za śmiercią.
W kwietniu 1793 Vergniaud oprotestował – ponownie bez skutku – pomysł stworzenia Trybunału Rewolucyjnego, co stało się dla posłów Góry (jakobinów i kordelierów) pretekstem do rozpętania kampanii ukazującej żyrondystów jako zdrajców rewolucji i wrogów ludu. Rosnąca wrogość wobec żyrondystów w Konwencie i w rewolucyjnym Paryżu zmusiła Vergniauda do ukrywania się. Starał się jednak w miarę możliwości odpierać w parlamencie niektóre zarzuty, jednak dawnej popularności nie był w stanie odzyskać. 2 czerwca 1793 tłum sankiulotów otoczył Konwent i zażądał aresztowania czołowych żyrondystów, co też nastąpiło. Przez miesiąc Pierre Vergniaud przebywał w areszcie domowym, następnie w więzieniu La Force, w dawnym klasztorze karmelitów i wreszcie Conciergerie.
W październiku 1793 uwięzieni żyrondyści zostali postawieni przed Trybunałem Rewolucyjnym. Po trzydniowym procesie, którego wynik był z góry przesądzony, wszyscy zostali skazani na śmierć.