Markus Heikkinen (ur. 13 października 1978 w Katrineholmie, Szwecja) – piłkarz fiński grający na pozycji środkowego obrońcy lub defensywnego pomocnika.
Kariera klubowa Heikkinen urodził się w Szwecji, jednak piłkarską karierę rozpoczął już w Finlandii, w klubie o nazwie Oulun Palloseura. W 1996 roku zadebiutował w jego barwach w drugiej lidze, jednak spadł on o klasę niżej i w 1997 roku Markus zmienił barwy klubowe zostając piłkarzem TPS Turku. W zespole z Turku był podstawowym zawodnikiem i na koniec sezonu zajął 4. miejsce w pierwszej lidze. W 1998 roku Heikkinen przeszedł do MyPa z miasta Anjalankoski. W tym klubie występował przez dwa sezony, jednak nie odniósł większych sukcesów, a w 2000 roku trafił do HJK Helsinki. W stołecznym zespole spędził trzy lata, a największe sukcesy to mistrzostwo Finlandii w 2002 i wicemistrzostwo w 2001, a także zdobycie Pucharu Finlandii w 2000.