Wchodzi w skład Komitetu Wspierania Muzeum Historii Żydów Polskich Polin w Warszawie.
Jest synem Marii Kozłowskiej, docent Akademii Rolniczej w Krakowie, badaczki w dziedzinie warzywnictwa. O swoim stryju, premierze Leonie Kozłowskim, napisał książkę.
Domniemana współpraca z SB Kozłowskiemu zarzucono, że w latach 60. był najpierw kandydatem, a potem tajnym współpracownikiem SB w Krakowie o kryptonimie „Witold”. 6 grudnia 2012 Sąd Okręgowy w Warszawie orzekł, że skłamał on w oświadczeniu lustracyjnym i w latach 1965–1969 współpracował tajnie i świadomie ze Służbą Bezpieczeństwa Ministerstwa Spraw Wewnętrznych, i skazał go na 3 lata zakazu pełnienia funkcji publicznych. 11 czerwca 2013 Sąd Apelacyjny w Warszawie utrzymał ten wyrok.
Ostatecznie jednak 13 lutego 2014 Sąd Najwyższy w postępowaniu kasacyjnym prawomocnie oczyścił Macieja Kozłowskiego z zarzutu kłamstwa lustracyjnego16 lata nękania przez policję historyczną.Maciej Kozłowski oczyszczony z zarzutu kłamstwa lustracyjnego, 13.02.2014..