Filozofia Skoworody związana jest organicznie z hermeneutyką Pisma Świętego.

Nauka o trzech światach W centrum systemu filozoficznego Skoworody znajduje się teoria „trzech światów” i „dwóch natur”. Mianowicie, wedle jego poglądów, cały świat składa się z „makrokosmosu” (przyroda albo "świat zaludniony", ), mikrokosmosu (człowiek) i „świata symboli” (Biblia). Każdy z nich posiada „dwie natury”: „zewnętrzną” – materialną i „wewnętrzną” – duchową. Pierwsza jest widzialna, druga – niewidzialna. Dlatego należy „wszędzie widzieć dwoje”. W ostatecznym rachunku niewidzialną naturą jest właśnie Bóg, widzialną zaś – stworzenie, które jest tylko zmiennym cieniem narury niewidzialnej. Świat duchowy i świat zaludniony różnią się jako świat prawdziwy i świat fałszywy, urojony. Do swej teorii „trzech światów” Skoworoda dotarł nie od razu. W najbardziej zakończonej formie Skoworoda wykłada tę teorię w pracy Wężowy potop (, ). Teoria „dwóch natur”, którą Skoworoda rozwijał w dialogach lat 70., znalazła ścisłe sformułowanie w traktacie Silenus Alcibiadis.

Świat symboli reprezentowany jest przez Biblię, treści symboliczne. Człowiek może odróżnić mikrokosmos od makrokosmosu przez Biblię, która jest kluczem do poznania świata.