Aresztowanie profesorów W dniu 6 listopada 1939 r. podczas słynnego wykładu SS-Obersturmbannfuhrera Mullera w sali nr 66 Uniwersytetu Jagiellońskiego, profesorzy Akademii handlowej zostali razem z innymi profesorami wyższych uczelni krakowskich aresztowani. Znajdowali się tam wtedy między innymi: prof. dr inż. Albin Żabiński – rektor AH, prof. dr Arnold Bolland – pierwszy rektor AH, prof. dr Zygmunt Sarna. prof. dr Walenty Winid. Po uwięzieniu profesorów w Sachsenhausen okupanci zajęli oba budynki Akademii wraz ze wszystkimi urządzeniami i dokumentacją (w tym z biblioteką). Niestety tylko część akt zdołano uratować i bezpiecznie zachować aż do powrotu profesorów z Sachsenhausen.
Podjęcie tajnego nauczania Pod koniec 1943 r. Profesorzy Akademii podjęli zakonspirowaną działalność dydaktyczną. Tajne nauczanie objęło zarówno dawnych przedwojennych studentów, jak i osoby nowo zgłaszające się. Tym systemem udało się przeprowadzić studentów przez pierwsze dwa lata studiów. Ogółem przez tajne nauczanie przeszło około 50 osób, nie licząc tych które zdawały egzaminy uzupełniające przed poszczególnymi profesorami.