Od 1901 roku, za zgodą rady miejskiej, Rada obradowała w budynku magistratu w sali nazywanej izbą kupiecką.
Od 1821 roku w skład Rady wchodziło 4 starszych i 12 radców.
Uchwalone w 1821 roku przez Senat Rządzący Wolnego Miasta Krakowa prawo o Urządzeniu Wolności Handlu, wprowadzające zasadę wolnej wymiany handlowej, ograniczyło wyłączność Kongregacji. Powstanie na terenie Galicji w 1850 roku Izb Handlowo-Przemysłowych złamało monopol Kongregacji jako organizacji kupieckiej. Izba przejęła większość jej uprawnień. Ustawą z 20 grudnia 1859 roku przekształcono Kongregację w dobrowolne stowarzyszenie kupców. Kongregacja od 1907 roku wydawała pismo „Kupiec Polski”. W 1939 roku posiadała około 40 oddziałów, m.in. w Tarnowie, Bochni, Chrzanowie i Nowym Sączu. Liczyła wtedy 833 członków. Podczas II wojny światowej Kongregacja została włączona do Districtkammer für Gesamtwirtschaft, czyli Izby Okręgowej.
Krakowska Kongregacja Kupiecka wznowiła działalność 1 lutego 1945 roku. W 1950 roku, w ramach tzw. bitwy o handel, została zlikwidowana i zastąpiona Wojewódzkim Zrzeszeniem Handlu Prywatnego i Usług.