Wersja bombowa Jak-26 Największy priorytet otrzymały prace nad bombowcem naddźwiękowym, który miał przenosić bombę atomową Tatiana o masie 1200 kg, z głowicą RDS-4 o mocy 30 kT. Pierwszy prototyp bombowca Jak-123 z silnikami RD-9AM zbudowano w 1955 na bazie prototypu Jak-125B (nieprodukowanej wersji Jak-25). Był on pierwszym radzieckim naddźwiękowym bombowcem. Otrzymał on nowy częściowo oszklony nos kadłuba o stożkowym kształcie, ze stanowiskiem bombardiera obsługującego celownik OPB-11P wewnątrz. Otrzymał on także celownik radiolokacyjny PSBN-MA z wypukłą anteną pod kadłubem. W 1956 samolot został przekazany na próby państwowe.
Jeszcze przed rozpoczęciem prób zdecydowano zbudować partię 10 przedseryjnych samolotów w zakładzie nr 30 w Moskwie, pod oznaczeniem Jak-26. Ukończono je w 1956. Jeden z nich, oznaczany Jak-26-3, stał się prototypem dalszego rozwoju samolotu, otrzymał mocniejsze silniki RD-9F, system RYM-S zamiast celownika radiolokacyjnego oraz zdalnie sterowane działko 23 mm AM-23 w ogonie. Wprowadzono na nim następnie zewnętrzne części skrzydła z uskokiem na krawędzi natarcia, polepszające własności lotne.