W 1739 roku miejscowość należała do starostwa. W 1765 roku wieś posiadała już 20 włók, użytkowane przez 14 gburów. Po objęciu terenu przez zabór pruski, w 1791 roku została podjęta decyzja o przedłużeniu dzierżawy sołtysowi Piotrowi Marsanowi i 14 innym włościanom na dalsze 40 lat, za roczny czynsz w wysokości 144 talarów. W XIX wieku do Owczarek przyłączono część obszaru sąsiedniego Stanisławowa. W 1832 roku mieszkańcy Owczarek otrzymali swoje działki na własność w zamian za czynsz w wysokości 173 talarów. W 1868 roku we wsi istniało 58 budynków, w tym 32 mieszkalnych z 264 mieszkańcami. Obszar Owczarek wynosił wtedy 2095,5 mórg.
W 1910 roku liczba ludności zwiększyła się do 435 osób. W 1931 roku w Owczarkach zamieszkiwało już 577 osób na obszarze 534,2 ha. Miejscowość należała do wójtostwa Nowa Wieś. Na miejscu istniała szkoła i poczta. W ostatnich latach swojego życia mieszkał tutaj i zmarł w 1935 roku Wiktor Kulerski. W 1944 roku wieś miała powierzchnię 603 ha i liczyła 397 mieszkańców. Na przełomie lutego i marca 1945 roku znajdował się tu punkt zbiorczy, uwięzionych przez NKWD mieszkańców okolic Grudziądza, skąd wysłano ich do robót w ZSRR. 22 lipca 1972 roku została otwarta Szkoła Podstawowa nr 4.