W roku 1795, po upadku księstwa Kurlandii w wyniku III rozbioru Polski, Lipawa została przyłączona do Cesarstwa Rosyjskiego. W czasie powstania styczniowego, tą drogą sprowadzano uzbrojenie dla powstańców (m.in. sztucery z Belgii). W XIX wieku miasto szybko rozwijało się jako główny bałtycki port Rosji, a na początku XX stało się miejscem, z którego wielu obywateli rosyjskich udawało się na emigrację do Stanów Zjednoczonych. W 1876 r. doprowadzono tutaj kolej, dzięki czemu jeszcze bardziej rozwinął się port, zdolny przyjmować towary z całej Rosji. W 1900 r. 7% rosyjskiego eksportu przypadało na port w Lipawie.
W ostatniej dekadzie XIX w. na północ od Lipawy wzniesiono port Aleksandra III – wojenny port Floty Bałtyckiej, miasteczko wojskowe i fortyfikacje. Jego budowniczym był pułkownik (potem generał) Iwan Alfred MacDonald (absolwent kaliskiego Gimnazjum Filologicznego).
W 1905 r., podczas rewolucji, która ogarnęła też ziemie łotewskie, w Lipawie doszło do protestów robotniczych, a rewolucjoniści na pewien czas przejęli faktyczną kontrolę nad miastemP. Łossowski, Rewolucja 1905 roku w guberniach nadbałtyckich, "Studia z Dziejów ZSRR i Europy Środkowej", t. 2 (1967), s. 66..