Zofii w Warszawie.
Choć szpital po 1989 pozostał częścią publicznej służby zdrowia jako Zakład Opieki Zdrowotnej (ZOZ), w początkach XXI wieku współpracował z niepublicznym ZOZ w zakresie dodatkowo płatnych usług ponadstandardowych, nie refundowanych w ramach Narodowego Funduszu Zdrowia bądź niewystępujących na ministerialnej liście świadczeń gwarantowanych, jak poród w sali jednoosobowej czy znieczulenie zewnątrzoponowe. Najwyższa Izba Kontroli uznała taką praktykę za nielegalną. W 1994 szpital został laureatem pierwszej edycji akcji Rodzić po ludzku jako najlepsza porodówka w kraju. W kolejnych latach nadal plasował się wysoko, dwukrotnie uzyskał wyróżnienie, ale ze względu na wysokie opłaty dodatkowe wypadł poza listę laureatów.
W latach 1996–2011 w szpitalu leczono ponad 86 tysięcy pacjentek. W 2009 na świat przyszło w szpitalu blisko pięć tysięcy dzieci. W pierwszej połowie 2009 urodziło się w św. Zofii 2337 dzieci, w analogicznym okresie 2010 – 2447.
W 2002 roku ok. 20 proc. pacjentek miało podane znieczulenie, do 2011 ten odsetek wzrósł około dwukrotnie.