Ten pierwszy urząd utracił jeszcze w 1215 r., na tym drugim pozostał do roku 1232.
Kiedy Jan bez Ziemi pojmał swojego bratanka i rywala do korony, Artura z Bretanii, oddał go pod pieczę Huberta. Hubert miał się przyczynić do śmierci Artura w 1204 r. Jednak niektóre źródła (wykorzystane przez Shakespeare’a w Królu Janie) podawały, że de Burgh otrzymał rozkaz oślepienia Artura, ale odmówił wykonania tego polecenia.
Jakkolwiek by nie było de Burgh pozostał w łaskach króla. W 1203 r. otrzymał ważny strategicznie zamek Chinon w Turenii, klucz do obrony doliny Loary. Hubert utrzymał się w tym zamku nawet po podboju innych angielskich posiadłości na kontynencie przez Francuzów. Chinon był oblegany przez rok i padł dopiero w czerwcu 1205 r.
Następne dwa lata de Burgh spędził we francuskiej niewoli. Zanim w 1207 r. odzyskał wolność z niewyjaśnionych powodów utracił swoje angielskie tytuły i posiadłości. Jednak po powrocie z niewoli otrzymał nowe nadania ziemskie (m.in. Lafford i Sleaford) oraz urząd szeryfa Lincolnshire. Został również seneszalem Poitou.
De Burgh pozostał lojalny wobec Jana podczas jego wojen z baronami pod koniec panowania króla. Doradzał Janowi podpisanie Wielkiej Karty Swobód a jego nazwisko widnieje wśród 25 wykonawców tego przywileju. W czerwcu 1215 r.